fix(bmad-init): symlinker .claude/skills + commands séparément (pas .claude entier)

Bug: bmad-init-project.sh symlinkait .claude/ EN ENTIER. Or Claude Code a besoin
d'un .claude réel (settings.local.json, worktrees/) — le symlink échouait donc
silencieusement ("existe déjà, ignoré"), et les skills BMAD n'arrivaient JAMAIS
côté Claude Code. Conséquence: BMAD 6.9 + customisations .toml inactifs dans les
projets via Claude Code (seul Codex/.agents fonctionnait, lui étant symlinkable).

Fix:
- .agents/ reste un symlink complet (Codex n'y écrit pas)
- .claude/ reste un dossier RÉEL ; on symlinke seulement .claude/skills et
  .claude/commands vers la base centralisée → à jour sans écraser les fichiers
  propres à Claude Code
- ajout de custom/ + scripts/ aux modules _bmad symlinkés (resolver de customisation)

Validé: resolve_customization.py résout désormais les overrides (.toml gates MCP +
capitalisation) depuis .claude/skills dans RL799_V2 et app-alexandrie.

scripts/bmad-init-project.sh

@@ -38,7 +38,7 @@ echo "→ Initialisation BMAD pour : $PROJECT_ROOT"
 
 # ─── Modules à symlinkter dans _bmad/ ────────────────────────────────────────
 
-BMAD_MODULES=(core bmm cis tea _config)
+BMAD_MODULES=(core bmm cis tea _config custom scripts)
 
 mkdir -p "$PROJECT_ROOT/_bmad"
 
@@ -78,24 +78,46 @@ else
   echo "  ✓ _memory initialisé depuis la base"
 fi
 
-# ─── .agents/ et .claude/ : symlinks à la racine du projet ──────────────────
+# ─── .agents/ : symlink complet (Codex n'écrit pas dans ce dossier) ─────────
 
-for dir in .agents .claude; do
-  TARGET="$PROJECT_ROOT/$dir"
-  SOURCE="$BMAD_BASE/$dir"
+AGENTS_TARGET="$PROJECT_ROOT/.agents"
+AGENTS_SOURCE="$BMAD_BASE/.agents"
+
+if [[ ! -d "$AGENTS_SOURCE" ]]; then
+  echo "  ⚠ '.agents' absent de la base, ignoré."
+elif [[ -L "$AGENTS_TARGET" ]]; then
+  echo "  ~ symlink déjà présent : .agents"
+elif [[ -d "$AGENTS_TARGET" ]]; then
+  echo "  ⚠ '.agents' existe déjà (dossier réel), ignoré. Merge manuel requis."
+else
+  ln -s "$AGENTS_SOURCE" "$AGENTS_TARGET"
+  echo "  ✓ symlink créé : .agents → $AGENTS_SOURCE"
+fi
+
+# ─── .claude/ : dossier RÉEL (Claude Code y écrit settings.local, worktrees) ──
+# On ne symlinke PAS .claude en entier (le symlink échouerait car le dossier réel
+# est nécessaire). On symlinke uniquement les sous-dossiers fournis par BMAD
+# (skills/, commands/) pour qu'ils restent centralisés et à jour, sans toucher
+# aux fichiers propres à Claude Code.
+
+mkdir -p "$PROJECT_ROOT/.claude"
+
+for sub in skills commands; do
+  TARGET="$PROJECT_ROOT/.claude/$sub"
+  SOURCE="$BMAD_BASE/.claude/$sub"
 
   if [[ ! -d "$SOURCE" ]]; then
-    echo "  ⚠ '$dir' absent de la base, ignoré."
+    echo "  ⚠ '.claude/$sub' absent de la base, ignoré."
     continue
   fi
 
   if [[ -L "$TARGET" ]]; then
-    echo "  ~ symlink déjà présent : $dir"
+    echo "  ~ symlink déjà présent : .claude/$sub"
   elif [[ -d "$TARGET" ]]; then
-    echo "  ⚠ '$dir' existe déjà (dossier réel), ignoré. Merge manuel requis."
+    echo "  ⚠ '.claude/$sub' existe déjà (dossier réel), non écrasé. Remplacer manuellement par un symlink si voulu."
   else
     ln -s "$SOURCE" "$TARGET"
-    echo "  ✓ symlink créé : $dir → $SOURCE"
+    echo "  ✓ symlink créé : .claude/$sub → $SOURCE"
   fi
 done
 
@@ -121,7 +143,9 @@ for module in "${BMAD_MODULES[@]}"; do
 done
 echo "  │   └── _memory/  (local)"
 echo "  ├── .agents/      → symlink (centralisé)"
-echo "  ├── .claude/      → symlink (centralisé)"
+echo "  ├── .claude/      (local — Claude Code y écrit)"
+echo "  │   ├── skills/   → symlink (centralisé)"
+echo "  │   └── commands/ → symlink (centralisé)"
 echo "  └── _bmad-output/ (local)"
 echo ""
 echo "✓ Prêt."